继2004年春节前石梁河水库97户受污染危害的农民得到400万元的赔偿款后，2004年6月25日又从连云港市中级人民法院得到第二笔，也是最后一笔赔偿款160.4万元。至此，该案由法院判决的560.4万元的赔偿款已经全部得到执行。在中国政法大学污染受害者法律帮助中心的支持下，经过三年的艰难诉讼，石梁河水库污染损害赔偿案终于划上了一个圆满的句号。
    石梁河水库是江苏省最大的人工水库，位于连云港市北部的东海、赣榆两县境内，与山东省临沭县接壤。这个水库是连云港市淡水养殖基地和周边居民生产生活用水主要来源。从1998年起，库区农民投入大量资金发展网箱养殖，但1999年7月至2000年6月期间，他们在汛期内先后3次遭受上游山东临沭县一些工厂污水集中下泄导致的“灭顶之灾”，3030只网箱中的在养鱼苗全部死亡，造成直接经济损失560余万元。为了让工厂停止污染、赔偿损失，受害的农民曾经拉着臭鱼到污染工厂所在地的县城要求给个说法，甚至发生冲突。有关人民政府也进行了一些协调工作，但始终不能解决问题。
2001年3月，97户农民在中国政法大学污染受害者法律帮助中心的支持下集体向连云港市中级人民法院提起诉讼，要求造成污染的山东省相关单位赔偿经济损失。中心主任王灿发教授亲自出庭代理该案。同年12月，连云港市中级人民法院作出一审判决，判决山东省某纸业公司、山东省某县化工总厂连带赔偿560.4万元。被告不服提起上诉，2002年4月，江苏省高级人民法院依法作出终审判决，维持原判。 
    法院判决以后，污水虽然不再进入石梁河水库，水体已经变清，但法院判决的赔偿款却迟迟不能得到执行。污染受害者为此向有关部门多次反映，中国政法大学污染受害者法律帮助中心也致信最高人民法院办公厅，揭露污染企业所在地通过制作虚假法律文书帮助企业转移财产的情况。该案引起最高人民法院的高度重视，指定一位副庭长负责协调该案判决的执行。经过多方协调，终于使污染受害者在2004年春节前拿到第一笔赔偿款，并在6月25日得到第二笔赔偿款。为了减少中间环节，防止赔偿款被截留，赔偿款由人民法院直接发到每一位受害者手中。
    该案的最终执行，终于使受害者看到了环境法律的威严和用法律手段保护环境和维护公民环境权益的重要作用。